En tidligere soldat findes myrdet og parteret i en skov på Nordfyn. Samtidig modtager flere danskere afskårne fingre fra en person, der kalder sig “En far”. Afsenderen vil have Danmark til at trække sig ud af krigen i Afghanistan, ellers optrapper han sine handlinger.
For vicepolitikommissær Karsten Niebuhr er sagen anderledes end alle andre sager, han har arbejdet med. Han er tvunget til at arbejde sammen med efterretningstjenesterne, og fordi afsenderen kommunikerer ved at sende mails til pressen, er der fuld opmærksomhed på lemlæstelserne. Sagen spidser til, da det viser sig, at der sandsynligvis er mere end en gerningsmand.
Under mørket er en fortælling om sorg og tab. Om angsten for at miste og viljen til at gå hele vejen. Også hvis det betyder, at man skal dybt ind under mørket ...
