Gøgeungen er historien om Karen Zimsens begivenhedsrige liv.
Kun tre timer gammel giver lægen i 1930 Karen til sin barnløse rengøringskone. Hun vokser op i en familie nær samfundets bund, hvor hun lærer livets alvor og klasseskel at kende. Efter lange skoledage med mobning skal hun hjælpe sin adoptivfar med at hente våben, som modstandsbevægelsen skal bruge.
Karen kommer i skole i Gentofte Kommune i 1937, hvor hun møder børn fra en anden samfundsklasse. Hun prøver at passe ind, for Karen er en fighter.
Som voksen uddanner hun sig til socialrådgiver og ansættes i Mødrehjælpens abortafdeling i København, hvor hun er fra 1954-62.
I sit private liv har hun nok at se til med store sorger, for efter hendes mands pludselige død står hun alene med to små børn. Karen må igen mobilisere al sin indre styrke, og trods utallige udfordringer lykkes det hende at få realiseret det indholdsrige liv, hun altid har drømt om.