En dansk sømand og soldat drager i 2008 på mission ombord på HDMS Absalon for at bekæmpe pirateriet ud for Afrikas Horn. Omtrent samtidig lader en somalisk fisker sig hverve som havfrelser ansporet af et ønske om at se retfærdigheden ske fyldest. To mænd på kollisionskurs i Det Indiske Ocean. Hvor krydses deres veje, og hvem er den fremmede, når det sker?
En fremmed krydser dit spor er en medrivende fortælling om Danmark som krigsførende nation og om den mest fejlslagne stat i verden i nyere tid: Somalia. Om udsendte soldaters glæder og afsavn. Om at træffe afgørende beslutninger i ens privatliv mens man er langt væk fra de rammer, hvori det udleves, og om et helt lands lidelseshistorie samlet i ét menneskes skæbne.