Som ung tilbragte amerikaneren Daniel Peters et år i Danmark som udvekslingsstudent. Nu 25 år senere arbejder han som oversætter på Kierkegaard Forskningscenteret i København, da hans chef og tidligere kæreste, Mette, pludselig findes myrdet. Kort forinden har Daniel været i hendes lejlighed, og han har intet alibi for drabstidspunktet. At han lider af Aspergers syndrom, gør det kun sværere for ham at befinde sig i politiets søgelys. Daniel har uendelig viden om Søren Kierkegaard og en meget præcis evne til at iagttage sine danske omgivelser; men det hjælper ham ikke nu.
Da Mette bliver myrdet, forsvinder også et netop opdaget Kierkegaardmanuskript. I sin taske havde Mette en nøgle til en bankboks, og hun må have haft på fornemmelsen, at nogen ville gøre hvad som helst for få fingre i det hemmelige manuskript, for i bankboksen har hun lagt en ledetråd til Daniel, som kun han kan tyde. For at rense sig selv for mistanke tvinges Daniel til at tage kampen op mod fortidens spøgelser og tage efterforskningen i egen hånd. Gennem tolkninger af Kierkegaards skrifter kæmper han for at finde Mettes morder og det forsvundne manuskript.
Kierkegaardmysteriet er en spændingsfyldt vandring gennem både Kierkegaards gamle by og det nutidige København – set gennem en amerikaners øjne.
