Hovedet i skyerne er historien om Simon, der flytter til København for at starte i 3.g på et nyt gymnasium.
Her bliver han venner med Daniel, som er helt anderledes end nogen, han før har mødt, og som vender op og ned på hans selvforståelse. Men er Simon klar til at acceptere sig selv som den, han viser sig at være?
Da Simon starter i 3.g på et nyt gymnasium, bliver han straks populær hos alle, men til sin egen overraskelse er det Daniel, han foretrækker frem for Julie, og han er da ellers ikke til fyre. Eller er han?