Conrad Sorterup sejler som 23-årig i 1872 til De Vestindiske Øer for at begynde et nyt liv som digter. På skibet møder han Ida, de bliver gift, og sammen får de fem børn. Med beskrivelsen af de to unges og børnenes liv bliver vi vidne til en familiesaga, der viser, at virkeligheden ofte overgår vores fantasi.
I St. Thomas–mysteriet, som bygger på virkelige hændelser, følger vi familien fra rejseeventyrets begyndelse til børnene er blevet unge voksne i København. Livet under palmerne i det varme Vestindien står i voldsom kontrast til resten af børnenes opvækst i det kolde og nok så uvenlige Danmark, hvor de bliver splittet op mellem flere plejefamilier. Hverken deres fars forsvinden eller deres mors indlæggelse på Sankt Hans Hospital er passende emner nogen steder. Et af børnene vokser op hos en malermester, tre hos en kvindelig lærer og den yngste hos en kendt teaterdirektør, hvor datidens store kulturpersonligheder Edvard Brandes, Herman Bang og Holger Drachmann færdes.
Med stor energi og med endnu større modstand fra familie og venner kæmper den ældste søn for at samle sine søskende igen. Dagbøgerne bliver hans faste holdepunkt i den proces.
Bogen bygger både på sønnens dagbøger og på et omfattende historisk kildemateriale. Den er derudover rigt illustreret med samtidige fotos fra både Vestindien og København.
